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將溶液內蛋白質分子或SDS-PAGE條帶中的復雜混合物酶解成肽段混合物，通過液相色譜分離，如2D-LC（陽離子柱SCX和C18反相柱串聯）或1D-LC的C18反相柱。串聯質譜檢測，*后利用相應的數據庫進行檢索匹配，可鑒定到成百上千種蛋白質。

蛋白質全譜（shotgun）分析

• **率樣品分離
• 高鑒定率：系統**地研究組織或細胞中盡可能多的蛋白質，可鑒定多達6000種蛋白。
• 適用范圍廣：無物種特異性限制，理論上可用于所有物種。
• 儀器性能優良：基于高分辨率（大于105）、高質量精度（小于1ppm）質譜平臺，  可獲得更加準確的結果。

• 對某一生理狀態下組織、細胞或者細胞器中所有表達蛋白質進行鑒定；
• ?對一些環境樣本及腸道微生物等復雜樣品中的蛋白質進行鑒定。

技術原理